qpcr数据造假会被看出来吗(硕士毕业论文数据全是编的)
发布时间:2023-05-26 22:08:31
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大家好!今天让创意岭的小编来大家介绍下关于qpcr数据造假会被看出来吗的问题,以下是小编对此问题的归纳整理,让我们一起来看看吧。
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pcr平台期不一致
技术文章干货分享|qPCR复孔平台期荧光信号不同会影响实验结果吗?
翌圣生物科技(上海)股份有限公>> 进入商铺
2020/10/17 9:51:48
干货分享|qPCR复孔平台期荧光信号不同会影响实验结果吗?
王老师:您好,近用你们的试剂跑qPCR,复孔平台期的荧光信号不同,这样的结果能用吗?
小翊:您好,老师。从图中来看,复孔重复性是比较好的,△Ct值<0.5, 这个结果没什么问题的。
王老师:那为什么复孔的平台期信号还有相差呢?有什么方法可以使复孔荧光信号一致吗?
近有不少客户咨询小翊类似的问题,担心这样的数据不可靠今天小翊就帮您解除疑虑!
复孔平台期不同不会影响实验结果(△Ct<0.5)
*,理想的PCR扩增是使DNA分子由1变2,2变4,以2n进行扩增的。但实际上,随着循环数的增加,体系中的Taq酶、dNTP、引物等逐渐被消耗并伴随着副产物的生成,使得PCR不能呈指数扩增,从而使实际的扩增曲线呈现“S”型,通常分为基线期、指数增长期和平台期三个阶段,如图1。
基线期是指PCR开始的3-15个循环时期,这段时期扩增是存在的,但因循环次数较少,体系中双链DNA积累较少,荧光信号强度没有超过荧光本底信号,此时的荧光值对于机器来说很难准确检测。指数扩增期是指PCR产物的量增长//快的一个时期,理想条件下,是呈指数增长的,在这个时期由于样品间的细小误差尚未放大,所以复孔的荧光信号在这个时期相对一致。通常荧光阈值需要设置在此时期,荧光信号达到荧光阈值所经历的循环数称之为Ct值,故各复孔间的Ct值有较好的重复性(△Ct<0.5)。而平台期是指由于原料耗尽、反应副产物的产生等原因使得扩增变得缓慢的一个时期。此时期经过的循环次数较多,使样品间的细小差异被无限放大,从而导致复孔间平台期的荧光信号相差很大。
图1 扩增曲线的三个阶段
下面为大家展示一个案例,以293T-cDNA的20倍稀释液为模板,扩增GAPDH基因,90个复孔(如图2)。
图2 同一样品的90个重复的扩增曲线图
由图可以看出该实验的复孔重复性非常好,△Ct<0.5,符合MIQE标准。但平台期的荧光信号值均有差异。
综上:数据的有效性和复孔平台期荧光信号关系不大,主要与复孔间的△Ct有关,MIQE标准是△Ct<0.5。
在复孔△Ct<0.5的情况下,复孔平台期不同并不影响实验结果,但是有没有办法可以让复孔平台期荧光信号尽量一致呢?
使复孔平台期荧光信号趋于一致的秘诀
1、确保加样的准确性
1)qPCR各组分*化冻需要混匀。
2)采用预混的方式进行加样,保证体系的均一性。可以将除模板以外的试剂进行预混,分注至各管中。
3)模板浓度高时,可将模板稀释,提高加样体积,减少加样误差。
2、确保移液的精///准度
加样过程需确保移液枪未出现漏气、漏液的情况,避免使用精///准度差的移液枪或者不配套的枪头。
3、体系混匀并进行离心
体系加完后要用移液枪吹打并进行离心,以防试剂挂壁或者体系中有气泡造成实验结果不准确。
4、qPCR试剂的选择:选择“预混液”形式的qPCR试剂,反应体系只需加入引物和模板,大大简化实验的操作步骤,减少了加样误差。
好了,读到这里,您应该不会再用纠结复孔平台期荧光信号不同的事了吧?为了简化您的qPCR实验操作,让您的qPCR数据更完美,小翊为您推荐一款SYBR Green预混液:Hieff UNICON® Universal Blue qPCR SYBR Green Master Mix(Cat 11184ES),该产品是预混液形式的qPCR试剂,另外适合于所有的qPCR仪器平台(如图3),兼容快速程序,可以大大简化您的实验操作并能保证您实验结果准确性。
图3. 适合于所有的qPCR仪器平台
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如果一个基因没有表达,realtimeqpcr会测出来吗
如果一个基因没有表达,realtimeqpcr会测出来一般来讲,进行real-timeqPCRMasterMix都是2×的浓缩液,只需要加入模板和引物就可以。由于real-timeqPCR灵敏度高,所以每个样品至少要做3个平行孔,以防在后面的数据分析中,由于Ct相差较多或者SD太大,无法进行统计分析。通常来讲,反应体系的引物终浓度为100-400mM;模板如果是总RNA一般是10ng-500,如果cDNA,通常情况下是1ul或者1ul的10倍稀释液,要根据目的基因的表达丰度进行调整。当然这些都是经验值,在操作过程中,还需要根据所用MasterMix,模板和引物的不同进行优化,达到一个最佳反应体系。
在反应体系配置过程中,有下面几点需要注意:1.MasterMix不要反复冻融,如果经常使用,最好溶解后放在4度。2.的配制Mix进行,减少加样误差。最好能在冰上操作。3.每管或每孔都要换新枪头!不要连续用同一个枪头加样!4.所有成分加完后,离心去除气泡。5.每个样品至少3个平行孔。参比或者校正染料(referencedye,passivedye)常用的是ROXTM(现在已经是ABI的注册商标了!)或者其他染料,只要不影响检测PCR产物的荧光值就可以。
参比染料的作用是标准化荧光定量反应中的非PCR震荡,校正加样误差或者是孔与孔之间的误差,提供一个稳定的基线。现在很多公司已经把ROXTM配制在MasterMix或者Premixture里。如果反应曲线良好或已经优化好反应体系,也可以不加ROXTM染料校正。通常来讲,real-timeqPCR的反应程序不需要像常规的PCR那样,要变性、退火、延伸3步。由于其产物长度在80-150bp之间,所以只需要变性和退火就可以了。SYBR@Green等染料法,最好在PCR扩增程序结束后,加一个溶解程序,来形成溶解曲线,判断PCR产物的特异性扩增。而溶解程序,仪器都有默认设置,或稍有不同,但都是一个在产物进行溶解时候,进行荧光信号的收集。3.仪器设置所有仪器的操作都基本一致。设置的时候包括反应板设置(platesetup)和程序设置(programsetup)。
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